丽江改土归流前后，清代改土归流前的丽江，清代，丽江古城称大研里。乾隆《丽江府志》说：“（大研里）附府城， 旧分闲人、百姓二里。”所谓“闲人里”，当是丽江上流社会有闲阶层所居。清代丽江，顺治、康熙年间为动荡期，雍正时为转折期，其后为相对稳定期，至咸丰、同治年间又有１８年战乱。总的趋势呈现为：丽江木氏土司势力衰败，日落西山，丽江古城另有一派新的建置，教育科举勃兴，人才辈出，丽江文化艺术向广度铺陈，工商经济逐渐发达。改土归流是清代丽江的政治大变革、经济大变革、文化大变革，或起或伏、或苦或甜，俱在其中展演无遗。
清初的云南，几种势力角逐，你来我往，这种动荡自然冲击到丽江，而丽江木氏首当其冲。顺治三年（１６４６），滇南土司沙定洲与沐天波混战，波及全省；次年（１６４７），李定国等率大西义军人滇， 乘云南混乱攻入昆明，打败沙定洲，让沐天波回昆明，共同“扶明抗清”，拥永历帝到云南，建立永历（南明）王朝；顺治十六年（１６５９），吴三桂率清军人滇，永历帝听从沐天波，率大西军退往滇西，永历与丽江沐天波又退人缅甸阿瓦城。后缅甸政变，丽江沐天波死于新缅王猛白所设“咒水之难”，永历亦被送交清军带回昆明，即被吴三桂勒死于金蝉寺；康熙十二年（１６７３），吴三桂在云南叛清， 清廷费了８年工夫才平定叛乱。对于丽江木氏土司来说，它的衰微不是从改流始，而是从清初动荡中便开始上演了悲剧。《木氏宦谱》说：“至丁亥年（１６４７）， 流寇首乱，搜掠历代所赐金银牒物并敕诰，俱被罄尽，地方焚掠一空。”看来，此时的丽江木氏已无力守土护乡了。
清军入滇，一统云南，丽江木懿“争先投诚”，被批准仍袭土知府职。但吴三桂与木懿有了矛盾：一是原在新疆伊犁一带的额鲁特蒙古之和硕特部自崇祯十年起征服了青藏，于康熙四年进占中甸，丽江木氏势力从中甸退出， 吴三桂便归罪于木懿；二是吴三桂想结连蒙番以图不轨，便拉拢木懿，“煽诱迫胁，授以伪帅”，但丽江木懿“坚志不从”。于是吴三桂屡出难题，反诬木懿“私通吐蕃”，把他拿赴省城囚禁了７年。其经过，在《木氏宦谱》中记得颇清楚：“吴逆到滇，心怀不轨， 欲结吐蕃以为外援， 见丽所辖地方防御严密，公（木懿）素秉正直，每被逆鳞，吴逆怀恨，突于康熙丁未年行谕，着备土兵一千名，公推故不从。 是以将元朝所赐历代掌管镇边金印之一颗、 三台银印一颗，一并严追去讫。次年，又将原管江外照可、你那、香罗、鼠罗、忠甸五大地方割送吐蕃，以为和好之计，而钱粮累公赔纳。…彼时滇省大小丽江土司尽授伪职，争换札付，以媚吴逆，独公坚持清白，行札屡次严追，宁死推脱不缴，留与子孙以彰忠义。吴逆尤加怀恨，令公结连吐蕃以为内应，而公固守始终不移，吴逆只得押令公卸事，以应袭木靖委署府事、管理地方，遂诬公以私通吐蕃，拿赴云南省城囚禁七年。”
果然如上所言，吴三桂叛清时，曾向和硕特蒙兵求援，但未成功。吴氏叛乱后，丽江木氏积极协助清政府平叛，筹措粮草，加固丘塘关防线。１６８１年，吴党胡国柱窜人丽江一带，丽江木土司木尧“点集部民”，并“调集夷民万余”，予以堵剿，在澜沧江边剿灭胡部万余人，使胡氏计穷而自杀。丽江木懿虽被囚７年，但释归后仍寿至耄耋，而到清代丽江木氏第五任土司木兴，则命运多蹇了。
１７１７年后丽江古城的木氏，新疆伊犁准噶尔部蒙古兵突袭拉萨，清朝于次年出兵失利，又次年便命川滇同时出兵西藏。丽江古城江土司木兴奉命领土兵 ５００名前往，“侦探向导，护军粮饷”。命他的养子丽江古城木崇领土兵 ５００名随征，另任钦差伍标为前部先锋。丽江木兴此行别有所图，他“志复中甸”，且想把川督年羹尧强行划归四川的里塘、巴塘要回来，便求云南总督蒋陈锡上奏，果然如愿。殊不知却与年氏结了怨。丽江古城木兴督运军粮至喇普地方，土目巴松耽误公文，且拦截军饷，丽江古城木兴一怒把巴松杀了，殊不知巴松又是年羹尧的“心腹人役”。年氏以巴塘、里塘为川军进藏咽喉为由，请仍归川，并借口云南运粮迟误，弹劾蒋陈锡，于是蒋氏及云南巡抚甘国璧被革职，命他们运米西藏以赎罪。丽江木兴接到蒋氏寄来的密信和年氏诬告状子一份，便“惊悸成疾，食不下咽”，挣扎至家，不久便病死了。丽江古城木崇也因“卧雪餐霜，复染寒湿，遂成浮肿症”，回师后调治无效，于１７２２年去世。
丽江古城木土司后继乏人，经“众人联名保举”，从姚安请回木尧的四子木钟来继任。丽江古城木钟系木兴之弟，从６岁起到舅父家，即姚安土司高垅映家读书，后被高氏招为婿，视如亲生。这时，却不得不同妻子一道回丽江任事，而等待他的是丽江的一场大变革。
清初世守丽江古城的木氏脉络大抵如上。其他方面，比如文化，清初亦有新树。康熙十八年（１６７９），丽江福国寺改为喇嘛寺，取藏名“奥米南林”，自此丽江古城有了第一所喇嘛寺。康熙三十九年，在丽江玉龙雪山南麓建了著名的丽江玉峰寺，内植茶花现已成为“万朵山茶”，该寺藏名“特拉西卓飞林”。同上年前后，在丽江巨甸建了兴化寺，藏名“梯此达吉林”。康熙三十六年，山东曲阜人、孔子第６６代孙孔兴询，到丽江任通判，一来就“力请立学造士”，特别是看到丽江古城没有供奉孔子的文庙， 便“捐俸倾囊，创建学宫”。 学宫即庙学，亦即文庙，丽江古城有了第一所文庙。孔氏原建在府治之东，雍正时迁到府治之北。
康熙四十九年（１７１０），到丽江任了４年通判的江都人樊经，创建了丽江第一所书院－玉河书院，院址“在丽江古城西外大研里玉河边”。丽江古城内始建文庙和书院，一一得到当时的丽江土知府木兴的参允。丽江之有庙学，实应从康熙年间始。建庙学之初，虽有“事几挠于土舍”之说，但孔兴询《创建文庙碑记》确载：“世府木君，乃共乐盛事，捐资以助其美，如祭器、乐器，悉备无遗。”樊经的继任余文耀在《玉河书院记》中亦说：“前任别驾樊君，与世守维新木君（兴），先得我心，相度学署之旁经营创制，意良苦矣。”
丽江古城晒谷告状土归流，雍正元年（１７２３），丽江改土归流。所谓“改土归流”，是改土知府为流官知府，丽江知府不再由世袭土司担任，而由朝廷派任。丽江改土归流，有外因和内因，亦有导火线。外因是清朝廷的既定政策，大势所趋。早在顺治、康熙年间，清廷就已改除了云南文山、华宁、峨山、蒙自等地土司及剑川、鹤庆的土千户。丽江的改流只是迟早之事。
内因是丽江本身矛盾的激化：丽江木氏土司统治权威下降，无力一统，且又摊派不已，差役频繁，对丽江木氏以外阶层的文化教育严加限制，“不许事诗书”，这就引起了丽江古城民众的不满。特别是新兴地主阶级，既要求对经济利益重新分割，更要求能“事诗书”，通过科举而跻身仕宦行列。矛盾激化的结果，必然要实行变革。
导火线，是维新人物阿知立点燃。他本是丽江古城木氏土司的远族人，但属于丽江古城木姓三代后降姓“阿，，者，失去了姓“木”的资格。光绪《丽江府志稿》载，他“性豪迈，有机谋胆略”，对“土府暴敛肆螫，民不堪命”，他“每患之”。雍正元年，他便召集当地人在中海堤上，当众宣告：“朝廷虽设流官通判，然每苦为丽江古城木土府所摄，吾侪生于圣明之世而不得游于光天化日之下乎！予欲以百姓困苦之情状上诉于省垣大吏。”众人听了，“云集响应，欣然倾资以助”。阿知立和阿仲苴、和日嘉、阿宝他等一起赴省申诉，总督高其倬“悯其情词质实，为之具奏于朝”，于是促成了丽江的改土归流。
这里，还有个阿知立“晒谷告状”的传说：他怕告状路上有变，就组织一队马帮，驮上谷子，扮作商队去昆明，到云贵总督府门前，轻易进不去，便与同伴在门前晒起谷子来。晒了几天，高其倬觉得很奇怪，怎么会有人在府前翻来覆去晒那几驮谷子，便出门来问，阿知立等马上跪下诉苦，备陈来意。高其倬是年羹尧的旧友，他正想替年氏报木兴杀巴松之仇呢，此时阿知立来告木氏状，正中怀，于是收了状纸。回府后即拟了《丽江府改土设流疏》。
高氏在奏疏中说：“……丽江地方，外控中甸，内邻鹤剑，藏地往还之兵，资其牲口粮食，实为要路。丽江木兴在日，领兵进藏，绕道杀死已经归顺之番目，题参其生衅之处，俟兵回日再审， 经议政议奏在案：‘居官贪虐，派累土人’， 至今控告不已，木钟在地方亦不能管辖。木兴前罪未愆，木钟又不能胜任，不但法宪未允，且恐贻误地方。丽江原设有土知府一员，流官通判一员，今照云南姚安等府之例，将知府改为流官，将通判改为土官……”此疏上奏不久，就得到了雍正的允准。当年就把丽江古城木氏从土知府降为土通判。丽江古城木钟自姚安回丽江，才四十多天，还没有授任知府，就被降任为丽江府第一任土通判。
第二年春，汉军正黄旗人杨秘，从曲靖调到丽江任第一任流官知府。他一到，借木兴办军务时有寄庄钱粮四年未纳，叫木钟去清，令当地把他软困。又以“亏空”之名，把丽江木氏十二里祖宅拆为衙署和兵丁营盘，丽江木氏庄田尽数归官，家人人里为民。丽江木钟在剑川听说家产破尽，顿足捶胸，不能进食，渐成呕病，气昏卧床。雍正三年（１７２５）七月回家，３日后去世。丽江木钟死后，木德、木秀、木睿、木汉、木景、木晖、木荫先后继任土通判，但均非丽江木氏昔日光景了。丽江和大研古城，当有新的景象了。
